Tras el robo de varios kilómetros de cable de telemando, el 14 de octubre de 2006 ADIF decide dar de baja el CTC entre Riaza y Burgos. Inmediatamente se suspendieron todas las circulaciones en ese tramo, ya que la línea no ofrecía ningún tipo de seguridad al estar todas sus estaciones sin personal y no recibir comprobación alguna de las posiciones de las agujas. Se movilizó a la brigada de Vías y Obras de Burgos para embridar todas las agujas de la vía general de todas las estaciones en el tramo afectado. Casi un mes después, el 9 de noviembre de 2006, a las 15.00 horas, se dan por terminados los trabajos y desde ese momento se establece Bloqueo Telefónico Supletorio entre Colmenar Viejo y Aranda de Duero, y entre Aranda de Duero y Burgos en las horas en las que Colmenar tiene personal de circulación, y entre Madrid-Chamartín y Aranda cuando Colmenar no tiene personal. Desde el 10 de diciembre, el BTS se establece entre Riaza y Aranda y entre Aranda y Burgos, con la salvedad de que no es necesario que haya personal en Riaza según una consigna especial.
La terminación de los trabajos no supuso la vuelta del Talgo Pendular Madrid-Bilbao a la línea, lo que dio lugar a todo tipo de sospechas y elucubraciones. El servicio permaneció desviado por Valladolid desde el 15 de octubre hasta, según estaba previsto, el 10 de diciembre. Sin embargo, ese día fue suprimido en Burgos por falta de locomotora diesel y los trabajos del AVE en Valladolid impidieron que circulase vía Ávila, por lo que los viajeros fueron trasladados en autocar. El 12 de diciembre volvió a circular de nuevo por su itinerario oficial, aunque su tiempo de viaje ha sido incrementado de tal forma que las circulaciones especiales de la noche del 9 al 10 de diciembre de 2006 la recorrieron en menos tiempo del que ahora tiene concedido.
El lechero, por su parte, siguió circulando desde el 9 de noviembre, pero con unos retrasos considerables y con algunas supresiones.
Con respecto a proyectos. ADIF está intentando que el Ministerio de Fomento haga una inversión que, según las fuentes, varía de 6 a 14,5 millones de euros para:
– Soterrar el cable de telemando y sustituirlo por fibra óptica entre Riaza y Burgos.
– Renovar o reparar vía en el mismo trayecto, en función del estado de ésta.
– Suprimir determinadas estaciones.
– Sustituir el BAU del año 68 por un BLAU con CTC que pasaría a estar controlado desde Chamartín, eliminando, por tanto, el Puesto de Mando de Aranda de Duero.
