Los años 90 supusieron un duro golpe para el ferrocarril convencional que ofrecía un servicio social. Las inversiones en los diversos proyectos de alta velocidad han provocado que las líneas secundarias y las afluentes de líneas principales no hayan recibido un mantenimiento adecuado a sus necesidades. (Lo realmente triste es que durante los primeros años del siglo XXI se llegó a un punto en que ni siquiera las líneas principales recibían mantenimiento y quedaron sembradas por decenas de limitaciones de velocidad «temporales» por mal estado de la vía que todavía existen en algunos casos).
Esto supuso que los trenes fueran abandonando la línea directa a través de Aranda de Duero hasta llegar a la situación actual, en la que solamente el Talgo III Madrid-Hendaya/Bilbao (El mismo material con el que se inauguró el ferrocarril) la utiliza para llegar a su destino.
La circulación del Diurno “Iberia” fue cancelada, manteniéndose solo la circulación en épocas punta del servicio Algeciras-Hendaya, bajo la denominación de Estrella “Medialuna”. El Estrella “Puerta del Sol” abandonó el itinerario directo en 1994 para circular vía Ávila y Valladolid, lo que trajo consigo un aumento del tiempo del viaje y debido a ello, un menor uso que provocó su desaparición.
Los servicios transversales entre el País Vasco, Andalucía y Alicante también han sufrido en sus carnes una alarmante pérdida de viajeros. En la época en que ambos circulaban por el Madrid-Burgos eran servicios diarios, con buenos horarios y utilizados masivamente. Actualmente el “Picasso” circula por Valladolid, pero solamente los viernes en sentido descendente y los domingos en ascendente. El “Sol de Levante” pasa por Zaragoza, Lérida, Tarragona y Castellón y su circulación es tan esporádica como la del “Picasso”
El Talgo Pendular Madrid-París fue renovado totalmente en 1992, al sustituir los remolques Talgo de quinta generación por los de sexta. Con ellos se estableció el tiempo record Madrid-Burgos: 2h34’, lo que suponía una velocidad media de 109,9 km/h. En 1996 comenzó a circular por Valladolid.
Los servicios regionales corrieron la misma suerte. Los trenes implantados en los años 80 demostraron tener muy poca potencia para arrancar en los apeaderos construidos en los años 70, debido a las pendientes en las que se situaban. Todo ello, unido a su baja aceleración, al gran número de paradas, al excesivo número de plazas que ofrecían (Más de 200 en el caso de las 593, superando ampliamente las 128 de los TER y las alrededor de 50 de los Ferrobuses) y a la feroz competencia con el transporte por la carretera N-I, que entre 1989 y 1991 fue transformada a autovía, produjo que los costes de explotación se dispararan en relación con los ingresos obtenidos.
Fue en estos años cuando la Junta de Castilla y León empezó a sufragar la diferencia entre los costes de explotación y los ingresos obtenidos en las líneas deficitarias de la comunidad. No obstante, el gobierno regional optó por potenciar las comunicaciones con Valladolid o las que no perjudicaran sus intereses centralistas, como Madrid-Soria, Madrid-Salamanca, Valladolid-Salamanca o Valladolid-Puebla de Sanabria. El Directo Madrid-Burgos es una línea suficientemente buena si se encontrara en óptimas condiciones para hacer sombra la línea de Valladolid, y esto la Junta no podía permitirlo. Durante esta década se reinició la subida de tarifas para pasajeros, en los que se cobraban por 340 km en lugar de los 283 que tenía la línea. Esta diferencia de 57 kilómetros en la tarifa de la Madrid – Aranda – Burgos casi igualaba a la tarifa de Madrid – Ávila – Burgos. DICHA PRÁCTICA ELIMINÓ LA COMPETITIVIDAD DEL FERROCARRIL CON EL AUTOBÚS Y PERMITIÓ QUE EL DESMANTELAMIENTO DEL FERROCARRIL PARA PASAJEROS EN LA LÍNEA.
La noche del 1 de septiembre de 1999 una violentísima tromba de agua cayó sobre los puntos kilométricos 100 a 109 de la antigua línea de la compañía del Norte, entre Madrid y Ávila. El agua hizo desaparecer un terraplén de 130 metros de longitud, destrozó el lateral de otro de 50m y formó dos inmensos socavones de 90 y 40 metros, también se produjeron desperfectos en los estribos del puente de Valdespino, y el túnel de Valdejuña, de 130 metros de longitud, quedó anegado. El arreglo de estos desperfectos fue muy costoso, y durante los 25 días que duraron los trabajos el tráfico por el Directo Madrid-Burgos se multiplicó hasta alcanzar los 50 trenes diarios, demostrando todo lo que puede dar de sí esta línea. Hay que reseñar que si no circularon más trenes no fue por limitaciones de la línea sino por la falta de locomotoras diesel.
Debido al deficiente estado, diseño y funcionamiento de la red ferroviaria española, en la que las líneas transversales brillan por su ausencia y las pocas que hay no funcionan, se produjeron paradojas como que los trenes de mercancías Madrid-Vigo circularan vía Zaragoza por falta de locomotoras diesel para recorrer el Madrid-Burgos. Las alternativas al trazado El Escorial-Ávila desde el Norte de España han sido muchas: Salamanca-Plasencia, Medina-Ávila/Segovia-Madrid, Burgos-Aranda-Madrid, Burgos/Castejón-Soria-Torralba-Madrid, complementadas todas con transversal Valladolid-Aranda-Coscurita-Torralba/Ariza (ambas en la línea Madrid-Zaragoza). Pero de todos estos tramos solamente quedan en servicio el Ávila-Madrid y el Madrid-Burgos.
Los trenes especiales de viajeros que circularon por la línea fueron los nocturnos que unían Madrid con La Coruña y Vigo (Trenhotel “Rías Gallegas”), Gijón y Santander (Estrella “Costa Verde”), Hendaya y Bilbao (Estrella “Costa Vasca”), así como el internacional Trenhotel “Francisco de Goya” (Madrid-París), que volvió a recorrer la línea que nunca debió abandonar. En los servicios diurnos los trenes seguían su itinerario habitual hasta Medina del Campo, a partir de aquí los viajeros eran trasladados en autobús hasta la madrileña estación de Chamartín y el tren vacío emprendía viaje hacia Burgos para efectuar una inversión de marcha y seguir hacia Madrid a través del Directo.
Este incidente sirvió para demostrar que el ferrocarril Madrid-Burgos es la única alternativa existente válida y eficaz para solventar cualquier problema que pueda surgir en las relaciones de Madrid con todo el noroeste de España.
